Kalenderhâne Câmii 

Fâtih zamanında Bizans kilisesinden çevrilen, Şehzâdebaşı civarında Vezneciler semtindeki câmi, fetihten hemen sonra kuşatmadaki hizmet ve gayretleri sebebiyle bizzat sultan tarafından Kalenderî tarikatı dervişlerine zâviye olarak tahsis edilmiştir. 18. yüzyılda Dârüssade Ağası (Maktul) Beşir Ağa câminin yanına bir medrese ile içinde de bir hünkâr mahfili inşa ettirmiştir. Cumhuriyet döneminde bakımsız kalan medrese, 1935 yılına doğru tamamen yıktırılıp ortadan kaldırılmış ve yerine bir konservatuvar binası yapılması tasarlanmıştı. Ancak bu proje gerçekleşmemiştir.

Zeyrek Kilise Câmii

Haliçten Bozdoğan Kemerine çıkarken Atatürk Bulvarının sağında yer almaktadır. Câmiyi teşkil eden birbirine bitişik üç kilisenin Bizans devrindeki isimleri Evrenin Hâkimi Îsâ Mesîh, Başmelek Mikhail ve Şefkatli Meryem Ana'dır. İstanbul'un Osmanlı dönemine âit ilk eğitim kurumu olmuştur.

İsmi, medresenin müderrislerinden Zeyrek lakaplı Molla Mehmed Efendi'den gelmiştir. Hem mescid-dershâne hem de câmi olarak kullanılmıştır. Molla Zeyrek'in Hacı Bayrâm-ı Velî'nin yanında bulunup ondan ders aldığı ve Zeyrek isminin de kendisine onun tarafından verildiği bilinmektedir. İstanbul'un fet-hine katılan ulemâ arasında yer almıştır. Fethin ardından Fâtih Sultan Mehmed, Medâris-i Semâniyye'yi inşa etmeden önce, eğitimin kesintiye uğramaması için Pantokrator Manastırı'nı medreseye çevirip, kendisine tahsis etmiştir. Molla Zeyrek, Sultan'ın huzurunda Seyyid Şerîf el-Cürcânî'den daha faziletli olduğu iddiasında bulunması üzerine Fâtih, Bursa'dan Hocazâde Muslihuddin Efendi'yi İstanbul'a dâvet ederek onunla münâzara etmesini istemiştir. Pâdişâhın huzurunda bir hafta kadar devam eden münâzarayı devrin âlimleri oturarak, Vezir Mahmud Paşa ayakta durup, çeşitli hizmetler îfâ ederek iştirak etmiştir. Sonunda mecliste hazır bulunanlar ve hakem olarak Molla Hüsrev, Hocazâde'nin görüşlerini tercih ettiler. Padişah, Molla Zeyrek'in ders verdiği medresedeki müderrisliğe Hocazâde'yi getirdi. Molla Zeyrek buna çok üzüldü ve ömrünün geri kalan kısmını Bursa'da talebe yetiştirmekle geçirdi. Bursa'da Pınarbaşı mevkiine defnedildiği, ancak bugün mezarının kayıp olduğu bilinmektedir.

Eski İmâret Câmii

Zeyrek câmiine yakın bir yerde, Haliç'in Marmara'ya açılan tarafına hâkim bir yamaçta bulunan Eski İmâret Câmii (İmâret-i Atîk Câmii), Bizans döne-mindeki bir manastırın câmiye çevrilmiş olan kilisesidir. Bu manastır, Fâtih Külliyesi yapılıncaya kadar imâret, zâviye ve medrese olarak kullanılmış, kilisesi de bu zâviyenin ve medresenin mescidi olmuştur. 1970'li yıllarda câminin içi ve dışı önemli ölçüde tamir edilerek, dış mîmârisi eski orijinal görünümüne kavuşturulmuştur.