2. Murad döneminde saraya alınmıştı ve 2. Murad'ın kızı Fatma Sultan'la evlenmiştir. Güçlü vezîriâzam Çandarlı Halil Paşa'ya karşı muhâlif olduğu bilinmektedir.

Zağanos Paşa, 2. Mehmed'in 1444-1446 yılları arasındaki ilk saltanatında genç pâdişâhı daha atak bir siyâset izlemeye teşvik etti. Zağanos Paşa'nın da içinde bulunduğu grup, Varna Savaşı sırasında 2. Murad'ın tekrar ordunun başına çağrılması meselesine taraftar değildi. Ancak Halil Paşa ağırlığını koyarak 2. Murad'ın yeniden ordunun başına geçmesini temin etti. Varna Savaşı'nın ardından Halil Paşa'nın ısrarına rağmen 2. Murad'ın tahta geçmeyerek oğlunu yerinde bırakması Zağanos Paşa'nın önemli bir başarısıdır.

Fakat mücâdele, Halil Paşa'nın 2. Murad'ı yeniden başa geçmeye ikna ederek 2. Mehmed'in tahttan indirilmesiyle sonuçlanınca, Zağanos Paşa merkezden uzaklaştırılarak Balıkesir'e gönderildi.

2. Mehmed 1451'de ikinci defa tahta çıktığında Çandarlı Halil Paşa'yı vezîriâzamlık makamında tutmuş ancak kısa bir süre sonra Zağanos Paşa'yı da yeniden vezirlik makamına getirmiştir. İstanbul'un fethi hazırlıkları esnasında büyük gayret gösteren Zağanos Paşa, Rumeli Hisarının yapımı işinde mühim bir rol üstlendi.

Fethe muhalefet edenlere karşı dâima 2. Mehmed'in yanında yer aldı. Donanmanın karadan yürütülmesi işinde önemli vazife üstlendi. Fetihten sonra görevinden alınıp îdam edilen Çandarlı Halil Paşa'nın yerine vezîriâzamlık makamına getirildi. Kızını Fâtih'e vererek onun kayınpederi oldu.

Vezîriâzamlık makamında fazla uzun kalamadı. Aniden azledilip Balıkesir'e sürüldü. Fâtih'in bu tasarrufu, Halil Paşa'ya karşı yapılan hareketin doğurduğu memnuniyetsizliği gidermeye yönelik bir manevra kabul edilir. Zağanos Paşa ilk devşirme asıllı vezîriâzamdır. Türbesi Balıkesir'de yaptırdığı câminin hemen dışında bulunmaktadır.